Veelgestelde vragen

NGS Panels

Testkwaliteit type A, C or A/C

NGS panel genen kunnen met verschillende kwaliteit worden geanalyseerd. Om meer inzicht in deze kwaliteit te krijgen worden de testen als volgt ingedeeld (Matthijs G et al., Eur J Hum Genet 2015; doi: 10.1038).

  • Kwaliteit Type A:  alle genen wordt volledig dekkend geanalyseerd. Gebieden met een lage coverage (<30 reads) in de NGS test worden alsnog met behulp van Sanger sequencing geanalyseerd.
  • Kwaliteit Type C: alleen NGS analyse. Er wordt geen aanvullende analyse gedaan van eventuele gebieden met een lage coverage.

Core-NL genen

Core-NL: hiermee wordt bedoeld dat de genen uit deze lijst essentieel geacht worden voor het stellen van een betrouwbare diagnose (Weiss MM et al., Human Mut 2013; 34: 1313-1321). Deze lijst is in landelijk overleg met de Nederlandse laboratoria en kliniek tot stand gekomen. Een core gen wordt volledig dekkend geanalyseerd (kwaliteit A). Zie https://www.dnadiagnostiek.nl/core-genen.

Per analyse is aangegeven waar een Core-NL pakket wordt aangeboden.

Nevenbevindingen

Rapportage nevenbevindingen: Met het aanvragen van WES-gebaseerde (pakket)analyses gaan we ervan uit dat aanvrager de kans op nevenbevindingen met de patiënt heeft besproken. Zie voor meer informatie: https://www.vkgn.org/nieuws/landelijk-beleid-voor-het-melden-van-nevenbevindingen-in-de-klinisch-genetische-diagnostiek/

CNV analyse

In aangegeven NGS pakketten wordt copy number variation (CNV) analyse gedaan om exon deleties/ duplicaties te detecteren. Deze CNV test werkt UITSLUITEND betrouwbaar op ingestuurd EDTA bloed en NIET op ingestuurd DNA

Coverage

Voor kwaliteit A: Sanger sequencing is gebruikt voor analyse van gebieden met coverage lager dan 30 reads. Alle coderende exons en de 20 flankerende nucleotiden in het intron worden geanalyseerd.

Op grond van validatie experimenten schatten wij de gevoeligheid van de gecombineerde test (NextGen en Sanger) voor nucleotide substituties en deleties, inserties en duplicaties tot 68 nucleotiden op > 99%.

Rapportage/uitslagen

Klasse 1 en 2 varianten worden niet gerapporteerd.